Οι έρευνες έγιναν στα ερείπια της πόλης Ηράκλειον ή Θώνις, άλλοτε σπουδαίο λιμάνι της αρχαίας Αιγύπτου, που σήμερα έχει κατακλυστεί από τα νερά της θάλασσας
Έναν ναό της Αφροδίτης που είναι πλέον στον βυθό της Μεσογείου εντόπισαν Αιγύπτιοι και Ευρωπαίοι αρχαιολόγοι, οι οποίοι έφεραν στο φως σπουδαία ευρήματα. Ο ναός βρισκόταν στην αρχαία πόλη Ηράκλειον ή Θώνις, στα ανοιχτά των ακτών της Αιγύπτου.
Αιώνες πριν από την ίδρυση της Αλεξάνδρειας το 331 π.Χ., το Ηράκλειον ήταν το μεγαλύτερο λιμάνι της Αιγύπτου στις ακτές της Μεσογείου. Ο θρύλος λέει, μάλιστα, ότι στην πόλη είχαν ο Πάρης με την Ελένη για να ξεφύγουν από τον Μενέλαο, πριν από τον Τρωικό Πόλεμο.
Αλλά και μετά την ίδρυση της Αλεξάνδρειας, το Ηράκλειον ήταν σημαντικός κόμβος και σημείο εισόδου στην Αίγυπτο. Χαμένη για αιώνες μέσα στα νερά της Μεσογείου, η πόλη βρέθηκε ξανά το 2000, περίπου 7 χιλιόμετρα από τη σημερινή ακτογραμμή.
Η ομάδα των υποβρύχιων αρχαιολόγων βρήκε τεράστιους ογκόλιθους από έναν ναό αφιερωμένο στον αιγυπτιακό θεό Άμμωνα Ρα. Ο ναός, σύμφωνα με το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Υποβρύχιας Αρχαιολογίας, κατέρρευσε στα μέσα του 2ου αιώνα π.Χ. κατά τη διάρκεια ενός «κατακλυσμικού γεγονότος».
Παράλληλα, στο ίδιο σημείο ανακαλύφθηκαν τα ερείπια ναού αφιερωμένου στην Αφροδίτη, μαζί με κρύπτη η οποία περιείχε αρχαία ελληνικά όπλα, χάλκινα αντικείμενα και κεραμικά.
Αλλά, ακόμη περισσότερο, οι αρχαιολόγοι ανακάλυψαν αντικείμενα από χρυσό και ασήμι. Μεταξύ τους ήταν τεχνουργήματα για τους Φαραώ, νομίσματα και δοχεία από αλάβαστρο για αρώματα ή αλοιφές.
Οι δύτες εντόπισαν ακόμη υπόγειες κατασκευές του 5ου π.Χ. αιώνα που υποστηρίζονταν από «καλοδιατηρημένες ξύλινες κολώνες και δοκάρια». Οι αρχαιολόγοι θεωρούν ότι τα ελληνικά όπλα στην περιοχή αποδεικνύει την παρουσία μισθοφόρων που θα υπερασπίζονταν την πρόσβαση στο Αιγυπτιακό Βασίλειο έπειτα από άδεια των Αιγυπτίων.
